地使用权流转问题
　　集体经济组织作为农村土地所有权人，对于宅基地的申请具有审批权，从我国法律的规定，安排集体经济组织根据实际情况充分利用集体土地的职能。在一些试点区域，集体为流转主体，将宅基地经营权向外流转。依托宅基地收回、农户主动退出、集体自主整治等举措，集体经济组织借助出租、入股等合规途径，把宅基地经营权流转至受让方，由受让方承担宅基地开发利用任务。试点地区许可集体经济组织根据宅基地闲置的情况，通过与集体成员协商，将闲置的宅基地收回，将宅基地使用权出让给第三方，受让方在合同约定的期限内享有宅基地经营权，能够依法占有宅基地，开展生产经营活动并获取相应收益。此外，经集体同意，受让方可以将宅基地经营权再次流转给第三方，也可以凭借宅基地经营权向银行申请抵押贷款，进一步拓展了宅基地经营权的权能。在实践的过程中，将集体经济组织的这项权能称为宅基地经营权。
　　这种操作模式具有一定的可行性，集体经济组织将农户退出的宅基地收回，对于农户宅基地上的建筑进行补偿，然后流转给第三方。这种情况下，究竟是将宅基地使用权收回后，农户的宅基地使用权消灭，还是农户的宅基地使用权仍然存在，只是实际权利主体转变为集体经济组织，那么，法理上如何安排将会出现混乱，根据物权法定原则，宅基地经营权并不属于物权的种类，对于宅基地经营权的定位与现行法难以融合，影响物权体系的稳定性。另一方面，从外在表现上看，这与农户直接流转给第三方没有区别，反而增加了交易成本。
　　2.引入外部资金共建宅基地地上建房法律风险问题
　　2016年国务院办公厅印发意见，明确允许返乡下乡人员与当地农民合作改建自住房。这种模式是农户以宅基地为投入，城镇居民提供资金，在宅基地上合作建房，从而实现资源优化配置。这种合作建房不是简单的资金借贷，集体外部人员对建成的房屋享有一定期限内的分红收益，可以看出，这种合作模式并不是为了解决农户住房的基本需求，更多的是为了追求额外的收益，有政策的根据和支持。不同于农户为了建房而与外部投资者约定建成房屋所有权划分的情形，这种情形司法实务中普遍判定约定无效，没有法律上的保护。政策所支持共建房屋没有涉及房屋所有权的问题，外部投资者享有的是建成房屋的经营权和经营收益的分红，经营模式常见于农家乐的模式，经营者可能是农户自己，也可能是外部投资者，从近几年的发展势头看，规模已经突破单个家庭，出现多个家庭联营，整个村集体参与其中。它依托原有的村落和自有房屋条件，利用乡村田园景观、自然生态、农村民俗文化以及农民的生产、生活等资源，为游客提供观光游览、农家餐饮、旅游民宿、农事参与、文化体验等服务。
　　这种模式下的宅基地及地上房屋的权利划分很难确定出统一标准，目前的产权登记并不能完全反映这种权利样态。在实际操作过程中根据“三权分置”的原则，对合作共建的房屋以及相关的宅基地权利进行登记，将宅基地所有权登记为集体经济组织，农户持续保有宅基地资格权益，外部投资者依据合作建房协议约定年限，获取宅基地使用权和房屋使用权。但在登记过程中针对宅基地上房屋归属存在不同看法，有认为农户作为唯一的权利主体登记在权属证书之上，这遵循了原来的登记形式，并不能真实反映合作建房开发经营的模式。也有认为需要在权属登记证书上完全记载权属样态，避免不必要的纠纷，但从目前全国不动产统一登记的发展趋势下，合作建房进行经营，模式并不统一，登记形式难以统一口径，各地要形成统一的登记形式不具有可行性。
　　3.宅基地有偿退出机制实施风险防控问题
　　《土地管理法》第六十二条规定国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。《中央农村工作领导小组办公室农业农村部关于进一步加强农村宅基地管理的通知》（中农发〔2019〕11号）规定：对进城落户的农村村民，各地可以多渠道筹集资金，探索通过多种方式鼓励其自愿有偿退出宅基地。关于农民有偿退出的客体有土地和宅基地两种类型，但两类客体功能和作用是有区别的，土地是农民的生产资料，侧重于劳动生产收益，解决的是劳作的问题，而宅基地解决的是居住问题以及精神层面需求的延续，很多情况是一体退出。
　　根据各地的情况，退出土地、宅基地是否保留身份于村集体，保留的是何种权利，存在法律空白。云南、贵州等省份的部分地区因水利工程征地拆迁后，对于村集体成员在补偿后，根据当地水利工程设施